Dans les années 90, les Comores ont été agitées par des troubles sécessionnistes faisant qu’amplifier les crises qu'à du faire face le tout jeune Etat comorien . Ce dernier a été spectateur de coups d’état et de tentative de coup d’état. Une bonne vingtaine de coups d’état, rappelons le, depuis son accession à l'indépendance. Déjà fragilisées par sa rupture forcée avec son île Mayotte, les Comores ont tant bien que mal réussi à garder une force et une dignité malgré le peu de moyens qu'ils ont à leur disposition.
Mais les années 90, ont révélés les points faibles de l'ex République fédérale islamique des Comores. Les institutions étant trop centralisés, les autres petites îles qualifiés d’arrières pays, en 2001, une nouvelle constitution a du révéler une réalité du paysage géographique et politique des Comores: L'insularité du pays. En effet, étant composé de 3 îles, le pays reste intérieurement isolé au pouvoir politique centralisé. La Grande Comore jouait le rôle d'île principale étant la plus grande et ayant la capitale fédérale en son sein.
Ainsi, malgré les imperfections du nouveau système incarné par l'Union des Comores, une certaine stabilité, dans l'ensemble du territoire national fut retrouvé. Mais comme toute guerre ou tout conflit, la psychose d'un retour en arrière ou même d'une division des institutions du pays hante les interprétations de nos chers intellectuels. Aujourd'hui, nous faisons face à un problème assez complexe. La question posée est celle ci, Les institutions et fonctionnements actuels du pays nuit il à l'unité nationale? Cela est un vrai sujet de philosophie du baccalauréat. Je laisse au lecteur le soin d'en faire sa petite idée.