A la moitié des années 90, éclate une crise politique, territoriale dans la RFIC république fédérale islamique des Comores. Deux des trois îles rompent avec la capitale fédérale Moroni, et déclarent leur indépendance au sein de l'archipel des Comores. Anjouan, l'île dont notre étude va se baser, hisse en 1997 des drapeaux français dans presque tous les minarets des moquées et demandent leur rattachement à la France. Quelques mois plus tard, c'est l'ancien drapeau du dernier sultan d'Anjouan qui est hissé.
Un problème de taille, se manifestent aux Comores, celui du séparatisme. Pourquoi, ce phénomène caractérisé d'abord par le refus de Mayotte d'intégrer les Comores, survient en 1997, par les deux îles et surtout sur l'île d'Anjouan. Pour le comprendre, même un fou le saura, c'est le développement quasi inexistante que la RFIC a connu depuis son accession à l'indépendance. Et puisque tout est lié, allons d'abord voir du coté est de l’île d'Anjouan, dans la région de Domoni.
Le rattachement à la France. En effet, depuis 1995, la France impose aux comoriens un visa à Mayotte, le visa Balladur. Apparait tout naturellement un phénomène, les kwassas-kwassas, des vedettes qui deviennent une sorte de pont défectueux entre Anjouan et Mayotte, causant la mort à de nombreux comoriens. Ces derniers espèrent avoir une meilleure vie, améliorer leur santé, et l'éducation de leurs enfants. Car la RFIC, n'est qu'un pays aux dirigeants corrompus, et incapable de redresser la situation économique du pays. Et c'est tout à fait normale qu'en 1997, Anjouan hisse le drapeaux français, espérant être recolonisée, jalouse du développement de Mayotte. Premier fantôme du passé, la colonisation. Bizarre pour une île qu'on proclame, l'île intellectuelle. En juste 22 ans d'indépendance et l'île d'Anjouan veut être recolonisé. C'est ce qui s'appelle un mal nécessaire. Quand l'espoir fait place au désespoir, c'est la réaction la plus naturelle, cherchons le mal qui ne fera pas aussi mal que celui présent.
L'indépendance. La France ne voulant pas s'envenimer dans cette crise rejette la demande de recolonisation d'Anjouan. Et un deuxième épisode apparaît, le drapeau des sultans anjouannais flottent au dessus des têtes. Les anjouannais sont prêts à prendre leur destin en main. Deuxième fantôme du passé, le sultanat. Il ne restait plus qu'à proclamer un sultan. Mais, cela, ils ne le feront jamais, à voir les nombreux coups d’état que Abeid et Bacar se sont faits l'un contre l'autre, on sent déjà Moroni dans les murs de Mutsamudu, l’appétit du pouvoir circule. Le sultanat d'Anjouan du XVIII eme siècle revient mais avec un putschiste à sa tête.
L'autonomie. Isolée de la scène internationale, Anjouan négocie son retour au giron de Moroni. Depuis 1997, Anjouan a revécu, la colonisation, le sultanat et maintenant, que les esprits se sont échauffés, que l'intelligence prend sa place, la négociation pour un nouveau système plus juste politiquement et plus économique est entrain d'être élaboré. Moroni subit le coup d’état d'Azali Assoumani qui promulgue la constitution de 2001.
En résumé, a l'image de ceux qui risquent leur vie dans le bras de mer entre Anjouan et Mayotte, le désespoir n'a pas de limites. Anjouan comme les autres îles a subit l’ingérence de nos gouvernants et dans le désespoir le plus complet, ils ont crié au séparatisme, en promulguant une colonisation, puis le drapeau des sultans. Au lieu de se révolter contre le système en place pour en créer un autre, ce qui a été crée plus tardivement en 2001, les anjouannais n'ont pas cessé de rêver d'un passé révolu depuis le temps. A trop rester dans le passé, on y reste.